東大本の画像に『校異源氏物語』及び『新編日本古典文学全集』の頁番号を付与していく過程で、 これら両書の本文との比較において、東大本に本文の脱落や錯簡（綴じ違いなどで、頁の順序が乱れていること）が起こっていると判断される箇所が複数見つかりました。 以下がその一覧です。なお、該当箇所の画像にも赤色三角のアイコンを表示し、説明を付しています。

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巻 10	タイトル 龍眼木（賢木）	コマ数 13	説明 右4行目「ふりすゝてけふはゆくともすゝか川やそせの浪に袖はぬれじや」に対する源氏の返歌は本来「すゝか河やそせの波にぬれぬれすいせまてたれかおもひをこせん」であるが、東大本では次の歌「行かたをなかめもやらんこの秋は相坂山をきりなへたてそ」に飛んで、この歌を返歌とする。 なお、脱文箇所には貼紙により本文が補記されている。	種類 脱文	画像を見る
巻 18	タイトル 松風	コマ数 20	説明 左5行目「こまやかにかたらひまいりぬ。いとよそおしうさしあゆみ…」の箇所は、「かたらひ」と「まいりぬ」の間は本来「こまやかにかたらひたまふ…」となるのが通常。	種類 脱文	画像を見る
巻 30	タイトル 蘭（藤袴）	コマ数 15	説明 左3行目「をのつからさのみは侍らじと」の後は本来「きこゆるもさることなれば」と続くが東大本には該当する文章がなく、続く4行目の途中までが異文。	種類 脱文	画像を見る
巻 31	タイトル 真木柱	コマ数 42	説明 左1行目以降巻末までが、本来は巻33「藤裏葉」の巻末に該当する。 また、42コマ右最終行は「真木柱」の最後の部分だが、「いそつたいせすとてはしたなかめりとや」の一文が脱落している。	種類 錯簡・脱文	画像を見る
巻 33	タイトル 藤裏葉	コマ数 26以降	説明 巻31「真木柱」42コマ左に続く。	種類 錯簡	画像を見る
巻 35	タイトル 若菜 下	コマ数 63	説明 右1行目「身にかへて」と「しるとそ思ひける卯（四）月十よか斗」の間に本来なら入るはずの文章が脱落している。	種類 脱文	画像を見る
巻 49	タイトル 寄生（宿木）	コマ数 51	説明 左9行目「見くるしきを」と「給はむ」の間に本来なら入るはずの文章が脱落している。	種類 脱文	画像を見る
巻 49	タイトル 寄生（宿木）	コマ数 59	説明 右1行目「夜もふけぬれば」以降、右5行目「おほかたの世の」までの間に脱文・異文あり。	種類 脱文	画像を見る

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